دکتر محمد الهندی از رهبران جنبش جهاد اسلامی در فلسطین تأکید کرد: یورش‌های شهرک‌نشینان و نظامیان صهیونیست به مسجدالاقصی یک اقدام سازمان‌یافته است که دولت صهیونیستی از قبل به‌منظور تحمیل واقعیت موجود و تقسیم این مکان مقدس به لحاظ زمانی و مکانی میان یهودیان و مسلمانان برای آن طرح و نقشه طراحی کرده است. هندی گفت: رژیم صهیونیستی از سرگرم شدن عرب‌ها و مسلمانان به بحران‌های داخلی خود برای تحمیل واقعیت جدید بر قبله نخست سوءاستفاده می‌کند و می‌بیند که فقط فلسطینیان اعم از زن و مرد و پیر و جوان از این مکان مقدس دفاع و حراست می‌کنند. وی افزود: نیروهای ارتش و پلیس اسرائیل در شرایط کنونی فلسطینیان حاضر در مسجدالاقصی را آماج اقدامات سرکوبگرانه خود قرار داده‌اند، حال‌آنکه این فلسطینیان به نمایندگی از امت‌های عربی و اسلامی به دفاع از قبله‌گاه نخست مسلمانان برخاسته‌اند.
به بهانه تحولات اخیر درباره مسجدالاقصی ابتدا تاریخچه این مکان مقدس را بررسی کرده و سپس به برخی شبهات در این زمینه خواهیم پرداخت.
تاریخچه  
مسجدالاقصی از مهم‌ترین مساجد اسلام و سومین مکان مقدس برای مسلمانان است. مسجدالاقصی در بخش جنوب شرقی بخش قدیمی اورشلیم واقع‌شده است و تا سال اول هجری، قبله اول مسلمانان بوده است. مسلمانان به مکانی که مسجدالاقصی و قبةالصخره در آن واقع‌شده‌اند، «حرم‌الشریف» می‌گویند. اکثراً تصاویر گنبد طلایی قبةالصخره با مسجدالاقصی اشتباه گرفته می‌شود درحالی‌که مسجدالاقصی دارای گنبدی به رنگ سبز یشمی است.
در این مکان، سابقاً پرستش‌گاه اورشلیم و هیکل سلیمان قرار داشت که مقدس‌ترین مکان مذهبی برای پیروان یهودیت است. بر باور یهودیان، بقایای مهم‌ترین معابد دین یهود در زیرمجموعه مسجدالاقصی قرارگرفته است. یهودیان محوطه پیرامون مسجدالاقصی را «کوه معبد» می‌خوانند.
نام مسجدالاقصی در آیه اول سوره اسراء آمده است، که اشاره به معراج و سیر شبانه پیامبر اسلام از مسجدالحرام به مسجدالاقصی دارد:
سبْحَانَ الَّذِی أَسرَی بِعَبْدِهِ لَیْلاً مِّنَ الْمَسجِدِ الْحَرَامِ إِلی الْمَسجِدِ الاَقْصا الَّذِی بَارَکْنَا حَوْلَهُ لِنرِیَهُ مِنْ ءَایَتِنَا إِنَّهُ هُوَ السمِیعُ الْبَصِیرُ
منزّه است آن خدایی که بنده‌اش را شبانگاهی از مسجدالحرام به‌سوی مسجدالاقصی- که پیرامون آن را برکت داده‌ایم- سیر داد، تا از نشانه‌های خود به او بنمایانیم، که او همان شنوای بیناست.
مسجدالاقصی پیش از خلافت دو حاکم بنی‌امیه یعنی عبدالملک بن مروان و پسرش ولید بن عبدالملک، زیاد توسعه‌نیافته بود و به «حرم قدسی شریف» معروف بود. در سال ۶۹۱ میلادی، عبدالملک بن مروان مسجدالاقصی را در مساحت فعلی آن توسعه داد و مهم‌ترین بنای آن معروف به قبةالصخره را ساخت.
در دوران حکومت ولید بن عبدالملک، ساخت و توسعه مسجدالاقصی ادامه یافت و شامل هفت رواق، یک رواق در وسط و شش رواق در دو سمت غربی و شرقی مسجد شد. هم‌چنین مسجدالاقصی در این دوره صاحب ۱۱ دروازه شد که هفت دروازه آن در شمال، یک دروازه در شرق، دو دروازه در غرب و یک دروازه در جنوب قرار داشت. برای دسترسی نمازگزاران به آب پاک، ۲۵ حلقه چاه حفر شد و یک برکه کوچک برای وضو گرفتن در جلوی مسجد تدارک داده شد. در دوره‌های بعدی سه آبخوری به مسجد اضافه شد.
مسجدالاقصی در سال ۷۴۷ میلادی و در سال ۱۰۳۳ میلادی، براثر وقوع زلزله، تخریب گردید ولی دوباره بازسازی شد. بنیان اصلی مسجدالاقصی به دوره دو حاکم اموی یعنی عبدالملک بن مروان و پسرش ولید بن عبدالملک برمی‌گردد.
در روایتی از کتب شیعی، مسجدالاقصی که در قرآن آمده است نه در اورشلیم و نه درروی زمین بلکه در آسمان‌ها اعلام‌شده است. البته در روایات متعدد شیعی دیگر، مسجدالاقصی همان مسجد بیت‌المقدس دانسته شده، و معراج پیامبر را به مسجد بیت‌المقدس دانسته است. علمای شیعی هم در تفاسیرشان منظور از معراج و اسراء پیامبر به مسجدالاقصی را مسجد شهر بیت المقدس دانسته‌اند. مثلاً طبرسی در مجمع البیان ذیل آیه اول سوره اسراء می‌نویسد: «مبدأ اسراء پیامبر مسجدالحرام و پایان آن مسجدالاقصی یعنی بیت‌المقدس است. علامه طباطبایی هم در تفسیر المیزان می‌نویسد: «اسراء و معراج پیامبر اسلام از مسجدالحرام به‌سوی مسجدالاقصی بود، و آن همان [مسجد موجود در] بیت‌المقدس و همان هیکل سلیمان است که خدا آن را برای بنی‌اسرائیل هم مقدس گرداند. و «روایات بسیاری واردشده که مقصود از مسجدالاقصی همان بیت‌المقدس است.
معمولاً گفته می‌شود مسجدالاقصی یکی از مقدس‌ترین اماکن اسلامی برای مسلمانان است. مثلاً در برخی احادیث اهل تسنن گفته می‌شود، این مسجد، سومین حرم شریف پس از مسجدالحرام و مسجدالنبی در مکه و مدینه است. همچنین نقل است که آدم مسجدالاقصی را ساخته و زیربنای آن را چهل سال پس از ساختن بیت‌الله الحرام بنا به دستور خداوند نهاده است.
اما برخی احادیث در کتب اهل تشیع فضیلت مسجد اقصی را بعد از مسجد کوفه می‌داند. در کتاب وسائل الشیعه (و مستدرکِ آن) بابی به نام مستحب بودن اقامت در مسجد کوفه و نماز در آن، نسبت به سفر برای زیارت مسجدالاقصی وجود دارد.
در روایات شیعی دیگری هم فضیلت این مسجد حتی از مسجدالنبی هم بیشتر دانسته شده است: در روایتی از پیامبر اسلام آمده است: یک نماز در مسجد من مسجدالنبی بهتر از هزار نماز در دیگر مساجد است، به‌جز مسجدالحرام و مسجدالاقصی.
در روایت دیگری از امام محمد باقر خطاب به ابوحمزه ثمالی آمده است: مساجد چهارگانه ازنظر فضیلت و ارزش عبارت‌اند از: مسجدالحرام، مسجدالنبی، مسجد بیت‌المقدس و مسجد کوفه؛ دعای ابوحمزه و نماز واجب در آن‌ها برابر حج و نماز نافله در آن‌ها برابر عمره ارزش دارد. علی بن ابی طالب هم این چهار مسجد را چهار مکان در دنیا که از قصرهای بهشتی هستند معرفی می‌کند.
ضمناً بیت المقدس اولین قبله مسلمانان بوده است، جایی که در دوران اولیه پیامبر اسلام به‌سوی آن نماز می‌خواندند. و در برخی احادیث شیعیان مسجد بیت‌المقدس مورد تقدیس قرارگرفته است. علمای شیعه مسجد بیت‌المقدس را همان مسجدالاقصی دانسته‌اند. به‌هرحال فارغ از اعتقادات دینی مسلمانان، قدمت بیش از یک هزارساله این مسجد نیز سبب اهمیت تاریخی این مسجد است.
دولت پادشاهی اردن متولی رسمی مجموعه مسجدالاقصی است. بر اساس پیمان‌نامه صلحی که در سال ۱۹۹۴ میلادی، میان اسرائیل و اردن بسته شد، مقرر شد تا عبادت یهودی‌ها در محوطه مجموعه مسجدالاقصی منع شود و دولت اردن متولی رسمی مجموعه مسجدالاقصی باشد.
مجموعه مسجدالاقصی زیر نظر مفتی بیت‌المقدس اداره می‌شود.
یهودیان اعتقاددارند که بقایای معبد هیکل معبدی که سلیمان نبی به دستور خداوند ساخت و شرح آن در کتاب مقدس، بخش عهد عتیق آمده است در زیر مسجدالاقصی قرار دارد و برخی تندروهای یهودی برای تخریب مسجدالاقصی و احیای آن معبد تلاش می‌کنند.